Ngày 17/12/2011, tại Cửa khẩu Quốc tế Lao Bảo (Quảng trị), Cty Ngọc Hưng mở tờ khai hải quan, nhập 535,8m3 gỗ trắc từ Lào. Ngày 19/12/2011, Cty Ngọc Hưng mở tờ khai xuất khẩu nguyên lô gỗ đóng vào 22 container xuất sang Hồng Kông. Khi vận chuyển số gỗ này xuống tàu ở cảng Đà Nẵng, đã bị Cục chống buôn lậu (thuộc Tổng cục Hải quan) bắt giữ, khám xét, sau đó khởi tố vụ án “buôn lậu” và chuyển hồ sơ qua C44 điều tra.
Vụ án đang trong quá trình điều tra, ngày 31/7/2013, C44 có “Quyết định xử lý vật chứng” số 21/C44-P4 do đại tá Lê Đình Nhường (Cục trưởng) ký, cho tổ chức bán đấu giá lô gỗ trắc là tang vật. Có lẽ thấy không ổn, nên ngày 12/8/2013, cũng đại tá Nhường ký công văn số 468/C44-P4 với nội dung “tạm dừng tổ chức bán đấu giá vì có một số vấn đề mới phát sinh cần phải xử lý liên quan lô gỗ”.
Ngày 11/12/2013, Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao có quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung.
Ngày 23/12/2013, đại tá Lê Đình Nhường ký công văn số 3599/C44-P4 gửi tướng Vĩnh (khi đó là Tổng cục Trưởng, Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra – Bộ Công an) xin ý kiến chỉ đạo “xử lý vật chứng của vụ án”.
Bốn ngày sau, tướng Vĩnh ký công văn số 900/C41-C44 “Về việc xử lý vật chứng vụ án” đề xuất: “Cho xử lý lô gỗ là vật chứng của vụ án theo hướng bán lô gỗ vật chứng của vụ án”.
Dù không được bất cứ cơ quan nào cho phép, nhưng vào ngày 10/1/2014, vẫn diễn ra bán đấu giá lô gỗ tang vật vụ án theo chỉ đạo của tướng Vĩnh. Theo đó, một đại gia gỗ ở Bắc Ninh mua được với giá 63,9 tỉ đồng.
Tướng Vĩnh ngày đó bất chấp pháp luật, bán lô gỗ là tang vật vụ án khiến những bị can, nhân viên hải quan cho đến cán bộ lãnh đạo đương nhiệm của các Chi cục Hải quan TP.Đà Nẵng, tỉnh Quảng Trị bức xúc. Riêng vợ chồng Trương Huy Liệu (Cty Ngọc Hưng) làm đơn tố cáo cho rằng lô gỗ tang vật đã bị bán tháo dưới giá trị thực nhiều lần, lô gỗ đó phải có giá bán khoảng 300 tỉ đồng tại thời điểm đấu giá.
Cuối năm 2017, sau khi giám sát phiên toà xét xử vụ án, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Quảng Trị đã có văn bản kiến nghị Ban Nội chính T.Ư, Ban Chỉ đạo TƯ Phòng, chống tham nhũng: “Khi lô hàng còn trong quá trình điều tra thì Cơ quan Cảnh sát điều tra, Viện kiểm sát Nhân dân không có thẩm quyền bán vật chứng mà phải chờ bản án có hiệu lực pháp lý của tòa án. Trong lúc vụ án chưa kết thúc điều tra, chưa được đưa ra xét xử mà Cơ quan điều tra đã bán lô hàng vật chứng là vi phạm nghiêm trọng Điều 75, Điều 76 Bộ luật Tố tụng Hình sự.
Trước đó (ngày 24.9.2013), cuộc họp lãnh đạo liên ngành Tư pháp Trung ương kết luận: “Chuyển lô gỗ vật chứng theo hồ sơ vụ án để các cơ quan tố tụng tiếp theo xử lý theo thẩm quyền”.
Có thể thấy, sau nhiều năm với cương vị Thủ trưởng Cơ quan CSĐT Bộ Công an, tướng Vĩnh tưởng rằng không ai có thể sờ gáy mình nên bất chấp pháp luật. Và giờ đây đứng trước vành móng ngựa thì khóc lóc đổ tội cho cấp dưới và cấp trên.
Sau khi lãnh án ở vụ bảo kê đánh bạc nghìn tỉ này, bị cáo Phan Văn Vĩnh sẽ bị điều tra về hàng loạt các sai phạm khác.